Program Studi Teknik Perkapal Fakultas Teknik Universitas Pattimura sebagai salah satu Program Studi dengan visi dan misi yang berorientasi ke depan, menyadari bahwa bidang teknologi perkapalan merupakan salah satu bidang yang sangat berperanan dalam proses pembangunan wilayah-wilayah dengan karakteristik geografis kepulauan. Oleh sebab itu, Program Studi Teknik Perkapalan yang didirikan pada tanggal 21 Agustus 1984, sesuai SK Dirjen Pendidikan Tinggi Nomor 105/DIKTI/KEP/1984 terus berusaha untuk menghasilkan lulusan yang berkualitas. Namun secara historis, Program Studi Teknik Perkapalan telah berdiri sejak tahun 1970 dan menjadi cikal bakal berdirinya Fakultas Teknik Ambon (FTA), dan sejarahnya tidak dapat dipisahkan dari sejarah berdirinya Universitas Pattimura sebagai satu-satunya institusi pendidikan tinggi negeri di provinsi Maluku pada waktu itu.
Pada tahun 1960/1961 Presiden Republik Indonesia pertama Ir. Soekarno, merencanakan untuk mendirikan suatu Institut Kelautan (Institut Teknologi Ambon) dengan dua jurusan yaknik Jurusan Penangkapan dan Pengolahan Ikan. Sejak itulah sumber daya manusia maupun fisiknya yang bekaitan dengan rencana tersebut dipersiapkan. Pada tahun 1962 , 25 orang dari Indonesia dikirim ke Uni Sovyet. Dengan perjuangan yang sangat ulet oleh Ir. L. Nanlohy maka sebanyak 11 orang anak dari Ambon diikut sertakan diantara 25 orang yang dikirim tersebut diatas. Di sana mereka belajar bahasa Rusia selama 8 bulan kemudian mereka dibagi kedalam dua kelompok belajar, yang salah satu kelompok belajar tersebut dikhususkan untuk bidang Perkapalan di Odessa USSR.
Tahun 1965 pecah G30S-PKI, maka proyek FTA/ITA terhenti. Ke dua puluh lima orang tersebut terus belajar dan mereka kembali/pulang ke Indonesia pada tahun 1968. Sekembalinya ke Indonesia 6 (enam) orang sarjana yang berasal dari Ambon bersepakat dan bertekat untuk pulang ke Ambon. Keenam orang tersebut adalah Ir. A. Tutuhatunewa,MSc., Ir. D. Pesurnay,MSc, Ir. Purimahua,MSc., Ir. A.F. Salamony,MSc., Ir. J. Asthenu,MSc., dan Ir. F. Manuhuttu,MSc. Bersama dengan Ir. L. Nanlohy yang pada waktu itu selaku Pimpinan Proyek Lokal ITA/FTA, mereka mulai menyusun rencana untuk pembukaan Fakultas Teknik Ambon. Pada waktu itu Universitas Pattimura belum belum menjadi universitas negeri dan hanya merupakan sebuah Universitas Swasta dengan 2 (dua) fakultas yakni Fakultas Hukum dan Fakultas Sosial. Universitas pattimura saat itu dipimpin oleh sebuah Presidium yang terdiri dari Gubernur Maluku dan beberapa pejabat daerah lainnya.
Sehubungan dengan macetnya proyek FTA maka pimpinan Proyek Lokal FTA (Ir. L. Nanlohy) memanfaatkan fasilitas yang ada untuk mendirikan Fakultas Teknik yang menunjang bidang Perkapalan. Dibantu oleh beberapa tenaga ex-proyek FTA dan tenaga Anak Daerah Maluku yang berpendidikan di luar negeri (1968), maka dibuka Fakultas Teknik yang menangani bidang Perkapalan. Pada tanggal 31 Desember 1969 Fakultas Teknik disahkan Pemerintah RI dengan Surat Keputusan Mendikbud No.0173/1969. Pengresmian Fakultas Teknik dilaksanakan pada tanggal 16 April 1970 dengan satu jurusan yakni jurusan Teknik Perkapalan. Pada tanggal yang sama, Fakultas Teknik diintegrasikan kedalam Universitas Pattimura sebagai salah satu Fakultas penyelenggara pendidikan tinggi teknik dengan jenjang pendidikan Bachelor (Sarjana Muda Lengkap).
Pada tahun 1970 Fakultas Teknik menerima mahasiswa angkatan pertama sebanyak 50 orang dan perkuliahan berjalan di kampus Fakultas Teknik di Poka-Ambon. Dari tahun 1970 sampai 1971 perkuliahan berjalan dengan biaya operasionalnya dari bantuan Pemerintah Daerah (Dosen hanya mendapat gaji dari pekerjaan mereka di Dok Wayame Ambon). Pembukaan Fakultas Teknik mendorong berdirinya Universitas Pattimura sebagai Universitas Negeri di Maluku, sehingga pada tahun 1971 Ir. L. Nanlohy diangkat menjadi Rektor Universitas Patimura dan Universitas Pattimura (Unpatti) menjadi Universitas Negeri di Maluku.
Pada tahun 1981 jenjang pendidikan Bachelor ditingkatkan menjadi Pendidikan Sarjana S1 dengan 2 Jurusan, yaitu: Jurusan Teknik Perkapalan dan Teknik Permesinan Kapal. Sesuai keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi No. 105/Dikti/Kep/1984, tanggal 21 Agustus 1984, Fakultas Teknik Memiliki 2 Jurusan dan Program studi yakni Jurusan Teknik Perkapalan dengan Program studi Teknik Perkapalan, dan Jurusan Teknik Permesinan Kapal dengan Prodi Teknik Permesinan Kapal. Selanjutnya, berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 389/DIKTI/KEP/1996 tertanggal 23 Juli 1996 maka Jurusan Teknik Permesinan Kapal dikembangkan menjadi Teknik Mesin dengan program studi Teknik Mesin, Teknik Sistim Perkapalan dan Teknik Industri